Il était 6 heures du matin, dans un bateau me menant en Corse (après un voyage épique, ne prenez pas la SNCM !) et j'étais en train de lire la première boucle d'Hominescence décrite par Michel Serres, lorsque j'ai eu une sorte d'illumination biologeek. Avec le recul c'est pas aussi extraordinaire, même si je suis supris de ne pas voir plus de résultats sur RDF et ADN ou DNA dans les moteurs de recherche, pour la peine je vous mets quelques photos.

J'ai eu la chance d'assister aujourd'hui à une conférence intitulée « A Semantic Jamboree for Biology: Ontologies, the Semantic Web and Semantic Middleware » donnée par Carole Goble sur le site de l'Institut Pasteur. C'était vraiment passionnant et j'étais heureux de replonger un peu dans l'ambiance scientifique. Voici le contenu résumé de la présentation :

Bon après mon bilan sur la bio-informatique, je pense qu'il est intéressant pour les générations futures que je parle un peu de la formation que je viens d'achever. Cette formation est « rattachée » à l'EBGM et possède un site très web 2.0 qui, heureusement, ne reflète en rien sa qualité.

Ma formation se termine et après deux années de bio-informatique, j'ai acquis un peu plus d'expérience dans le domaine d'où une révision des précédents billets intitulés « La bio-informatique (bioinfo pour les intimes), définitions et applications » et « La bio-informatique : l'informatique au service de la vie ». Ce billet sera aussi l'occasion de faire un bilan sur ma formation et ses perspectives.

Je souhaitais répondre à Bug-in (de décroissance.info) qui a pris la peine de poster un long commentaire sur un ancien billet et qui m'a posé beaucoup de questions par ce biais. Malheureusement et malgré la refonte du site, je trouve que les commentaires n'ont toujours pas la visibilité escomptée et j'ai peur que vous passiez à côté alors je préfère faire une réponse en page d'accueil.

Après ce que j'ai écrit, je pouvais difficilement ne pas vous inviter à aller signer la pétition « Pour un accès à la connaissance sans exception permettant la libre production du savoir scientifique (lien mort) ».

Voila le projet de recherche que j'ai présenté mardi, il devait être innovant et ne pas faire plus de 10 pages. Vous pouvez aussi le télécharger au format pdf et/ou consulter la présentation au format odp. Ce rapport est loin d'être complet - 10 pages c'est assez frustrant pour un tel sujet - mais je le publie pour ne pas que ce travail soit réalisé en double. Pour information, la problématique des publications scientifiques payantes a été soulevée lors de mon premier cours de bio-informatique et constitue mon dernier travail « scolaire », on peut dire que la boucle est bouclée :-). J'encourage les personnes qui vont devoir s'occuper de ça un jour ou l'autre à me contacter, si j'ai choisi un tel sujet c'est avant tout pour les valeurs qu'il véhicule : le libre accès à la Science.

L'une des galère tâche quotidienne d'un bio-informaticien s'intéressant un tant soit peu à la biologie structurale et à la position d'une protéine dans l'espace est de parser des fichiers PDB. C'est fichiers, issus de la Protein Data Bank, contiennent une foultitude d'informations plus ou moins pertinentes en fonction de son sujet de recherche. Or, les parsers actuels que je connais sont pour la plupart de véritables usines à gaz souvent inadaptés et lourds pour le traitement que j'ai à faire. Voici donc un « squelette » de parser de PDB en python, par « squelette » j'entend que vous allez devoir coder les parties spécifiques à vos besoins.

Je suis vraiment content de voir que des projets comme celui qui vient d'être mis en place par l'INRIA voit le jour, surtout que c'est un sujet qui me tient à cœur. Néanmoins, je me demande s'il n'y a pas malheureusement une corrélation entre l'annonce faite le 27 avril et celle relative à la création d'un laboratoire commun entre l'INRIA et Microsoft la veille ! Manipulation ?!

Je vous l'avoue, l'idée ne m'avait même pas effleuré l'esprit avant la réception d'un mail mentionnant cette branche de l'univers Redmond qui m'était jusqu'alors inconnue. Voici donc le mail issu de la mailing-list de bio-informatique à laquelle tout bio-informaticien devrait être inscrit :

The new interdisciplinary centre of excellence Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology has been established in the Trento region (Italy). The main objectives and activities of the centre are

Depuis trois semaine, j'ai commencé mon stage à l'EBGM (plus particulièrement sur le serveur de la Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale) et je dois dire que je suis assez surpris de la tournure prise par ce stage. Alors que je m'attendais bêtement à coder une extension à un programme déjà existant voire à le convertir, allez peut-être même écrire un programme complet avec un cahier des charges bien précis. Et bien en fait il n'en est rien !

Suite à la discussion occasionnée par le test de KnoSciences par Play, je me suis mis à réflechir à l'intérêt d'un tel CD. Il se trouve qu'actuellement, les seules distributions en LiveCD qui sont axées sur une utilisation scientifique le sont plutôt dans le domaine des mathématiques ou de la physique

Je viens de tomber sur un article du Monde qui malheureusement est payant donc je vais juste vous en mettre des extraits, vous pouvez trouver le texte intégral intitulé les pirates du génome (lien mort) sur le site de l'université de Tours O_o.

Extrait d'une de mes conversation type :

[...]
Toi : Et sinon tu fais quoi dans la vie / comme études / à Paris (rayer la mention inutile ;-))
Moi : Je fais un master de bio-informatique
Toi : Ah ouais ok... euh... et c'est quoi la bio-informatique ?!

Google lance son outils de recherche sur les publications scientifiques ! Tiens, tiens, les scientifiques vont enfin se mettre au référencement et au PageRank :-).

Un des sujets favoris de conversation dispute entre ma CdG chérie (il faut savoir qu'elle est en école d'agronomie ;-)) et moi, les OGM, vaste débat qui devrait être mondial et qui n'est malheureusement qu'européen... mais au fait pourquoi doit-on en débattre ?

Beaucoup de personnes me demandent, mais qu'est ce que c'est en somme la bio-informatique ? Enfin une réponse ;-)

Avertissement : l'objectif de cet article n'est pas de décrire en détail ce qu'est la bio-informatique mais juste de vous donner un aperçu de ses applications possibles, il n'est en aucun cas exhaustif. Ce billet est susceptible d'être actualisé en fonction de mes connaissances.